از آنجا که میشنا محور اصلى مباحث تلمود است، چنانچه با نظرى به صفحات تلمود اصلى که متن میشنا در وسط و گماراها در حواشى آن نوشته شده است، این امر کاملا روشن است، لذا چینش و فهرست مطالب آن درست‏به همان ترتیبى است که در میشنا آمده است; یعنى همان‏طور که آغازین بخش میشنا، «سدر زراعیم‏» و بخش پایانى آن «طهاروث‏» است، تلمود نیز همین‏گونه است. اما با این حال، تلمود، به‏ویژه تلمود بابلى که در واقع امروزه هرگاه از تلمود سخنى به اطلاق گفته مى‏شود، به نحو غالب، تلمود بابلى مراد است از بعضى جهات تفاوتهایى با میشنا دارد: از مجموع 60 رساله میشنا که در 6 بخش آمده است، حدود 37 رساله در تلمود بابلى آمده است. البته ناگفته نماند که تلمود، تقسیم بندى دیگرى از بخشها ارائه کرده است که طبق آن، تعداد رساله‏ها به 63 عنوان رسیده است. در اینجا به موارد اختلاف فهرست مطالب تلمود به ویژه تلمود بابلى با میشنا مى‏پردازیم: الف) تقریبا تمامى رساله‏هاى بخش موعد (درباره روز شنبه و دیگر اعیاد و مناسبتهاى سال)، بخش ناشیم (درباره حقوق خانواده) و بخش قداشیم (درباره معبد و عبادت قربانى) در تلمود آمده است. ب) از بخش زراعیم میشنا (که درباره مقررات کشاورزى است) تنها رساله «براخوت‏» 335 که حاوى ادعیه و نمازهاى یومیه است، در تلمود بابلى آمده است. علت‏حذف بقیه رساله‏ها را معمول نبودن مطالب آنها در بابل ذکر کرده‏اند. ج) از بخش طهاروث (درباره احکام طهارت) به استثناى رساله «نیداه‏» 336 که درباره دماء ثلاثه، مسایل شرعى خاص زنان، از جمله احکام حیض و نفاس بحث مى‏کند که همچنان جنبه عملى دارد، بقیه رساله‏ها در تلمود بابلى مطرح نشده‏اند.