امام موسی صدر در اواخر سال 1338 و به دنبال توصیه های حضرات آیات بروجردی، حکیم و شیخ مرتضی آل یاسین، وصیت مرحوم آیت الله سید عبدالحسین شرف الدین رهبر متوفی شیعیان لبنان را لبیک گفت و به عنوان جانشین آن مرحوم، سرزمین مادری خود ایران را به سوی لبنان ترک نمود. اصلاح امور فرهنگی، اجتماعی، اقتصادی و سیاسی جامعه شیعیان لبنان از یکسو، و استفاده از ظرفیتهای منحصر به فرد لبنان جهت نمایاندن چهره عاقل، عادل، انساندوست و با زمان مکتب اهل بیت به جهانیان از سوی دیگر، اهداف اصلی این هجرت را تشکیل می داد. امام موسی صدر برای نیل به این اهداف، و با توجه به جغرافیای اجتماعی و سیاسی لبنان در منطقه و جهان، از همان بدو ورود فعالیتهای خود را سه حوزه موازی سازماندهی نمود:
بازسازی هویت، انسجام و عزت تاریخی شیعیان لبنان
امام موسی صدر از زمستان سال 1338 و همزمان با آغاز فعالیتهای گسترده دینی و فرهنگی خود در مناطق شیعه نشین لبنان، مطالعات عمیقی را به منظور ریشه یابی عوامل عقب ماندگی اجتماعی، اقتصادی و فرهنگی شیعیان لبنان به اجرا گذارد. حاصل این مطالعات، برنامه های کوتاه مدت، میان مدت و درازمدتی بود که از اواسط سال 1339 و در راستای سیاست محرومیت زدایی، طراحی و اجرا گردید. امام موسی صدر در زمستان سال 1339 و پس از تجدید سازمان جمعیت خیریه «البر و الاحسان»، با تنظیم برنامه ای ضربتی جهت تامین نیازهای مالی خانواده های بی بضاعت، ناهنجاری تکدی را به کلی از سطح شهر صور و اطراف آن برانداخت. وی در فاصله سالهای 1340 تا 1348 و در چارچوب برنامه ای میان مدت، با طی سالانه صد هزار کیلومتر در میان شهرها و روستاهای سراسر لبنان، دهها جمعیت خیریه و مؤسسات فرهنگی و آموزش حرفه ای را راه اندازی نمود.
که حاصل آن کسب اشتغال و خودکفایی اقتصادی هزاران خانواده بی بضاعت، کاهش درصد بیسوادی، رشد فرهنگ عمومی، و به اجرا در آمدن صدها پروژه کوچک و بزرگ عمرانی در مناطق محروم آن کشور بود. امام موسی صدر در تابستان سال 1345 و پس از اجتماعات عظیم و چند روزه شیعیان لبنان در بیعت با ایشان، رسما از حکومت وقت درخواست نمود تا همانند دیگر طوائف آن کشور، مجلسی برای سازماندهی طایفه شیعه و پیگیری مسائل آن تاسیس گردد. مجلس اعلای اسلامی شیعیان که اولین بخش از برنامه درازمدت امام صدر به شمار می رفت، در اول خرداد سال 1348 تاسیس، و خود آن بزرگوار با اجماع آراء به ریاست آن انتخاب گردید.امام موسی صدر از بهار سال 1348 تا اواسط زمستان سال 1352 با دولت وقت لبنان به گفتگو نشست، تا آن را برای اجرای پروژه های زیربنایی و وظایف قانونی خود در قبال مناطق شیعه نشین و محروم آن کشور ترغیب نماید. در پی امتناع دولت لبنان از پذیرش این مطالبات و نیز اتمام حجت با آن، جنبش محرومان لبنان در اوایل سال 1353 به رهبری امام موسی صدر شکل گرفت، و راهپیماییهای مردمی عظیمی در شهرهای بعلبک، صور و صیدا علیه دولت به وقوع پیوست. اوجگیری بحران خاورمیانه، صف آرایی احزاب افراطی مسیحی در برابر مقاومت فلسطینی، و به لبنان کشیده شدن برخی اختلافات جهان عرب، امام موسی صدر را بر آن داشت تا برای حفظ ثبات کشور و ممانعت از سرکوبی فلسطینیها، توده های مردم را موقتاً از عرصه رویارویی با دولت کنار کشاند، و پیگیری مطالبات بر حق شیعیان را تا آمدن رئیس جمهور بعد به تاخیر اندازد. امام موسی صدر در سال 1354 علی رغم کارشکنیهای شدید دولت، مجدداً با اجماع آراء به ریاست مجلس اعلای اسلامی شیعیان برگزیده شد. با آغاز جنگ داخلی لبنان در فروردین سال 1354، تمامی تلاشهای امام موسی صدر مصروف پایان دادن به این بحران صرف گردید. وی در خرداد آن سال در مسجد عاملیه بیروت به اعتصاب نشست، و به پشتوانه مشروعیت مردمی و مقبولیت وسیع وشخصیت کاریزماتیک خود در میان تمامی مذاهب، آرامش را به تابستان لبنان بازگردانید. با شعله ور شدن مجدد آتش جنگ و پدیدار شدن ابرهای شکست بر آسمان جبهه مسلمانان، امام صدر در اردیبهشت 1355 حافظ اسد را وادار نمود تا با اعزام نیروهای سوری به لبنان، موازنه قوا و آرامش را به این کشور بازگرداند. حل اختلافات مصر با سوریه و متعاقب آن برپایی کنفرانس ریاض در مهر 1355، آب سردی بود که امام موسی صدر بر آتش جنگ داخلی لبنان فرو ریخت. این ارامش تا زمانیکه امام صدر در لبنان حضور داشت ، ادامه پیدا کرد.
